Zatímco Mombasa nemá vyhrazené přírodovědné muzeum, Mombasa Marine National Park and Reserve funguje jako živé muzeum, které nabízí pohledy na mořskou biodiverzitu a ekologické systémy keňského pobřeží. Návštěvníci se mohou zapojit do různých mořských živočichů a dozvědět se o ochranářských snahách chránit přírodní dědictví regionu. Naučná stezka a svatyně Haller Park je navíc rekonstruovaný lom, který nyní slouží jako útočiště pro divokou zvěř, včetně různých ptáků, plazů a savců, což umožňuje interaktivní setkání s přírodní historií Keni.
