San Francisco má svůj podíl jedinečných muzeí, která se zabývají specializovanými zájmy. Musée Mécanique je jednou z největších světových soukromých sbírek mechanicky ovládaných hudebních nástrojů a starožitných arkádových automatů. Cartoon Art Museum oslavuje všechny formy kresleného umění, včetně animací, komiksů a grafických románů. Je zde také Muzeum zmrzliny, což je spíše interaktivní umělecká instalace se sladkou tématikou. Zájemcům o námořní historii nabízí USS Pampanito, ponorka z druhé světové války, fascinující pohled do minulosti.
