Osim najpoznatijih institucija, u New Yorku se nalaze mnogi jedinstveni i fascinantni manji muzeji. Tenement Museum nudi intiman pogled na imigrantsko iskustvo kroz obnovljene stanove i osobne priče. New York Transit Museum, smješten u staroj stanici podzemne željeznice, zadubljuje se u povijest gradskog sustava javnog prijevoza. Morgan Library & Museum sadrži rijetke knjige, rukopise i djela na papiru. Za nešto suvremenije, Muzej pokretnih slika u Queensu istražuje umjetnost, povijest, tehniku i tehnologiju filma, televizije i digitalnih medija. Konačno, Muzej umjetnosti Rubin posvećen je očuvanju i uvažavanju umjetnosti i kultura Himalaja, Indije i susjednih regija.
