Santos legtöbb múzeuma számos oktatási programot kínál, amelyek célja a diákok és a gyerekek bevonása. A Museu do Café interaktív túrákat és oktatási műhelyeket kínál, amelyek célja, hogy megtanítsák a gyerekeknek a kávé történetét és annak fontosságát Brazília fejlődésében. Az Orquidário de Santos környezeti nevelési programokat kínál, ahol a gyerekek megismerkedhetnek a növény- és állatvilág biológiai sokféleségével. Az Aquário Municipal de Santos nemcsak a tengeri élővilágot mutatja be, hanem bemutatói és tevékenységei révén a tenger megőrzésére is oktatja a látogatókat. Ezenkívül a Museu de Pesca oktatási kezdeményezésekkel rendelkezik, amelyek a tengeri ökoszisztémákról és a helyi halászati iparról tanítanak. A konkrét programokról való tájékozódáshoz a látogatók minden múzeumhoz közvetlenül forduljanak, mivel ezek az oktatási események gyakran különböző korcsoportoknak szólnak, és szezonálisan változhatnak a kínálatuk.
