Santorini számos múzeuma kényelmes helyen található a sziget főbb városaiban, és könnyen megközelíthető a turisták számára. Az Őskori Thera Múzeum és a Régészeti Múzeum Firában, a sziget fővárosában található, sétatávolságra a központi buszpályaudvartól, amely összeköttetést biztosít a sziget különböző részeivel. Az olyan múzeumok, mint az oiai Haditengerészeti Múzeum, rövid buszozással vagy autóval is elérhetők. Érdemes megjegyezni, hogy sok múzeum olyan területeken található, amelyek a lenyűgöző kilátásuk és a helyi szolgáltatások miatt is népszerűek, így könnyen beilleszthetők egy városnézéssel töltött napba.
