Mérida számos neves múzeumnak ad otthont, amelyek a régió gazdag kulturális történelmét ünneplik. A Gran Museo del Mundo Maya a legnépszerűbbek közé tartozik, amely maja műtárgyak hatalmas gyűjteményét és a maja civilizációról szóló oktatási kiállításokat tartalmazza. A Palacio Cantón, amely a Regionális Antropológiai Múzeumnak ad otthont, szintén kedvenc, amely a Yucatán régió történelmét és antropológiáját mutatja be. Egy másik figyelemre méltó múzeum a Museo Casa Montejo, amely egy 16. századi kastélyban található, és a gyarmati Mérida életét és stílusát mutatja be.
