Tarp žinomiausių Krokuvos muziejų yra Vavelio karališkoji pilis, kurioje yra svarbių nacionalinių artefaktų, kambarių ir meno kolekcija; Nacionalinis muziejus, kuriame saugoma didžiulė lenkų meno kolekcija; Schindlerio fabriko muziejus, skirtas Oskaro Šindlerio istorijai ir Krokuvos patyrimams Antrojo pasaulinio karo metais; Rynek Underground Museum, kuris yra aukštųjų technologijų požeminė kelionė per viduramžių turgaus prekystalius ir miesto istoriją; ir Czartoryski muziejus, kuriame, be kitų žymių meno kūrinių, yra Leonardo da Vinci "Dama su ermine“.