Lisabonoje yra įvairių muziejų, kurie tenkina skirtingus interesus. Kai kurie muziejai, kuriuos būtina aplankyti, yra Calouste Gulbenkian muziejus, žinomas dėl savo įvairios kolekcijos – nuo senovės Egipto artefaktų iki šiuolaikinio Europos meno; Nacionalinis plytelių muziejus (Museu Nacional do Azulejo), kuriame pristatomas tradicinių portugališkų plytelių menas ir istorija; Berardo kolekcijos muziejus, kuriame eksponuojamas modernus ir šiuolaikinis menas; ir MAAT (Meno, architektūros ir technologijų muziejus), skirtas besidomintiems šiuolaikiniu menu, architektūra ir technologijomis. Autobusų muziejus (Museu Nacional dos Coches) taip pat yra unikalus, kuriame eksponuojama didžiulė istorinių vežimų kolekcija.
