Daudzi Santorini muzeji atrodas ērtā vietā salas galvenajās pilsētās un ir viegli pieejami tūristiem. Aizvēsturiskās Thera muzejs un Arheoloģijas muzejs atrodas Firā, salas galvaspilsētā, pastaigas attālumā no centrālās autoostas, kas piedāvā savienojumu ar dažādām salas daļām. Muzeji, piemēram, Naval Maritime Museum Oia, ir pieejami ar nelielu autobusa braucienu no Firas vai braucot ar automašīnu. Ir vērts atzīmēt, ka daudzi muzeji atrodas apgabalos, kas ir populāri arī to brīnišķīgo skatu un vietējo ērtību dēļ, tāpēc tos ir viegli iekļaut ekskursiju dienā.
