Santos se mândrește cu mai multe muzee renumite care răspund unei varietăți de interese. Museu do Café (Muzeul Cafelei), unde este prezentată bogata istorie a comerțului cu cafea a lui Santos, este una dintre cele mai faimoase instituții ale sale. Un alt sit semnificativ este Museu de Arte Sacra de Santos (Muzeul de Artă Sacră), care prezintă artefacte religioase și artă într-o veche biserică colonială. Pentru fanii fotbalului, Memorialul Santos FC, care onorează echipa de fotbal iubită a orașului, este, de asemenea, o vizită obligatorie. Museu de Pesca (Muzeul Pescuitului), care evidențiază industria pescuitului din regiune, și Museu Pelé, dedicat fotbalistului legendar care și-a început cariera în Santos, sunt, de asemenea, destinații populare în rândul turiștilor și localnicilor deopotrivă.
