Mombasa je domovom niekoľkých pozoruhodných múzeí, ktoré predstavujú bohaté kultúrne dedičstvo regiónu. Múzeum Fort Jesus, ktoré sa nachádza v starej portugalskej pevnosti z roku 1593, je zapísané na zozname svetového dedičstva UNESCO a je jednou z najvýznamnejších atrakcií mesta. Ďalším významným miestom je Múzeum ruín Gede, ktoré poskytuje pohľad do starovekej svahilskej civilizácie. Pre tých, ktorí sa zaujímajú o morský život a pobrežné ekosystémy, morský národný park a rezervácia Mombasa poskytuje poučný a vzrušujúci zážitok.
