Klaipedi lahko obiskovalci uživajo v različnih muzejih, ki prikazujejo bogato kulturno dediščino in pomorsko zgodovino mesta. Pomembna muzeja sta Litovski pomorski muzej, ki se nahaja v obmorskem regionalnem parku in ponuja vpogled v morsko ekologijo in pomorsko zgodovino, ter Muzej gradu Klaipeda, ki se nahaja v ostankih gradu Klaipeda, kjer lahko spoznate srednjeveško preteklost mesta.. Poleg tega mestni muzej Klaipeda ponuja obsežen pregled zgodovine in kulture mesta prek različnih eksponatov in zbirk.
