Mérida je dom številnih priznanih muzejev, ki slavijo bogato kulturno zgodovino regije. Med najbolj priljubljenimi je Gran Museo del Mundo Maya, ki prikazuje obsežno zbirko majevskih artefaktov in izobraževalne razstave o majevski civilizaciji. Palacio Cantón, v katerem je regionalni antropološki muzej, je prav tako priljubljen, saj prikazuje zgodovino in antropologijo regije Yucatán. Drug pomemben muzej je Museo Casa Montejo, ki se nahaja v dvorcu iz 16. stoletja, ki prikazuje življenje in slog kolonialne Méride.
